Naruto Shippuden comienza cuando Sasuke se va al bando de Orochimaru buscando poder.En ese momento, Naruto y Sakura emprenden una búsqueda. Pero no están solos, les acompaña Sai, un ninja con poderes de invocar cosas que dibuja, y su sensei, el primer maestro Hokage que controla la madera. Pero su único rival no es Orochimaru, también se tienen que enfrentar a los Akatsuki, una organización secreta que se forma por nueve ninjas exiliados de sus aldeas, para controlar a los demonios que hay encerrados en los Byüjis, los portadores de demonios, como Naroto (zorro de nueve colas o Kyubi) o Gaara (Shukaku de una cola). Hasta ahora solo hay 51 capítulos de Naruto Shippuden, por lo que aún no se sabe el final de esta serie.